Construit à la fin du XVIe siècle et terminé au début du XVIIe, il doit son nom à la nouveauté que constituait à l'époque un pont dénué d'habitations et pourvu de trottoirs protégeant les piétons de la boue et des chevaux. Il est aussi le tout premier pont de pierre de Paris à traverser entièrement la Seine
Ce monument fait l’objet d’un classement au titre des monuments historiques depuis 1889. En 1991, il a été inscrit au patrimoine mondial de l'Unesco, avec l'ensemble des quais de la Seine à Paris.
Il a gardé le nom qu'on lui a attribué spontanément à l'époque de sa construction. Celle-ci est décidée en 1577, et le 2 novembre de cette année-là, Henri III désigne une commission chargée d'assurer la bonne construction du pont et le suivi des travaux. Il charge Claude Marcel, contrôleur général des finances, d'assurer la liaison entre lui et la commission.