Né à Baltimore (Maryland), il est le fils de Susan May Williams (1812-1881), fille d'un riche homme d’affaires de Baltimore, et de Jérôme Napoleon Bonaparte (1805-1870). Ce dernier est le fils de Jérôme Bonaparte, le plus jeune frère de l’empereur Napoléon Ier, et de sa première épouse, Elizabeth Patterson, avec laquelle il s’était marié lors d'un passage à New York.
Il suit des études à l'université Harvard, dont il sort diplômé en droit et travaille ensuite comme juriste à Baltimore, devenant également un homme politique local, puis national, reconnu. Il est membre du Board of Indian Commissioners de 1902 à 1904 et président de la National Civil Service Reform League.
En 1905, le président Theodore Roosevelt le nomme dans son cabinet comme secrétaire à la Marine. Puis, de 1906 à la fin du mandat du président Roosevelt, il est procureur général des États-Unis (équivalent de ministre de la Justice). Il est actif dans les poursuites contre les trusts et est un des principaux responsables de la fin du monopole du tabac. Le 26 juillet 1908, il crée le Bureau of Investigation (BOI), ancêtre de l’actuel FBI, en embauchant les dix premiers agents de son histoire.