Tout comme pour Louis XVI, il fut ordonné que les bières des membres de la monarchie fussent recouvertes de chaux. Marie-Antoinette est inhumée avec la tête entre les jambes dans la fosse commune de la Madeleine, rue d’Anjou-Saint-Honoré (Louis XVIII fera élever à cet endroit la chapelle expiatoire située de nos jours sur le square Louis-XVI, seul endroit de Paris portant encore le nom du roi). Ses restes et ceux de Louis XVI furent exhumés le 18 janvier 1815 et transportés le 21 en la basilique de Saint-Denis.
« Le premier crime de la Révolution fut la mort du Roi, mais le plus affreux fut la mort de la Reine » dit Chateaubriand.
Le Comte de Mollien relate les propos de Napoléon sur l'exécution de la reine (tiré des Mémoires d'un Ministre du trésor public 1780-1815) : « Si ce n'est pas un sujet de remords, ce doit être au moins un bien grand sujet de regret pour tous les cœurs français que le crime commis dans la personne de cette malheureuse reine. Il y a une grande différence entre cette mort et celle de Louis XVI, quoique, certes, il ne méritât pas son malheur. Telle est la condition des rois, leur vie appartient à tout le monde ; il n'y a qu'eux seuls qui ne peuvent pas en disposer ; un assassinat, une conspiration, un coup de canon, ce sont là leurs chances ; César et Henry IV ont été assassinés, l'Alexandre des Grecs l'eût été s'il eût vécu plus longtemps. Mais une femme qui n'avait rien que des honneurs sans pouvoir, une princesse étrangère, le plus sacré des otages, la trainer d'un trône à l'échafaud à travers tous les genres d’outrages ! Il y a là quelque chose de pis encore que le régicide ! »