31 mai 1578, Henri III pose la première pierre du pont Neuf.

Construit à la fin du XVI^e siècle et terminé au début du XVII^e, il doit son nom à la nouveauté que constituait à l'époque un pont dénué d'habitations et pourvu de trottoirs protégeant les piétons de la boue et des chevaux. Il est aussi le tout premier pont de pierre de Paris à traverser entièrement la Seine

Ce monument fait l’objet d’un classement au titre des monuments historiques depuis 1889. En 1991, il a été inscrit au patrimoine mondial de l'Unesco, avec l'ensemble des quais de la Seine à Paris.

Il a gardé le nom qu'on lui a attribué spontanément à l'époque de sa construction. Celle-ci est décidée en 1577, et le 2 novembre de cette année-là, Henri III désigne une commission chargée d'assurer la bonne construction du pont et le suivi des travaux. Il charge Claude Marcel, contrôleur général des finances, d'assurer la liaison entre lui et la commission.

Sa construction se poursuivra jusqu'en 1607, sous le règne d'Henri IV. Du fait du soulèvement de la ville contre le roi, le chantier prend du retard et les travaux doivent être suspendus pendant dix ans, de 1588 à 1598. En 1599, Henri IV ordonne la reprise des travaux et confie leur conduite à Guillaume Marchant et François Petit.

C'est aussi le premier pont de Paris à ne plus être couvert. Le premier architecte chargé des travaux, Baptiste Androuet du Cerceau, avait décidé que ce pont porterait des maisons, à l'instar des autres ponts de Paris. Il ménagea donc des caves dans les piles et sous les arches. Comme la plupart des ponts construits à l'époque, le pont Neuf se compose d'une série de courtes arches. À la reprise des travaux interrompus dix ans, Henri IV opta pour un pont sans maisons, mais les caves déjà construites restèrent. Un souterrain les reliait. Elles furent par la suite transformées en chambres basses. Dans les corbeilles sont érigés de petits bâtiments abritant des boutiques.

Cependant, des marchands ambulants y font commerce, tels des tondeurs de chiens ou des loueurs de parasols. Des bouquinistes, aussi, y entrent en concurrence avec les librairies installées dans le quartier, si bien qu'en 1619 ces dernières obtiennent l'interdiction de la présence de cette concurrence commerciale sur le pont Neuf, chose réaffirmée par une ordonnance royale en 1742.

Le 2 janvier 1602, le roi autorise la construction d'une grande pompe à eau au droit de la deuxième arche depuis la rive droite côté aval : la pompe de la Samaritaine, qui donna plus tard son nom au grand magasin de La Samaritaine qui fut construit non loin de là. Cette pompe, la première machine élévatrice d'eau construite dans Paris, fut conçue par Jean Lintlaër.

Il s'agissait d'un petit immeuble d'habitation sur pilotis (dans lequel vécut, par exemple, Lintlaër lui-même) entre lesquels tournaient deux roues de moulin. Elle était surmontée d'une horloge munie d'un carillon qui rythmait la vie des habitants. Elle alimentait en eau les palais du Louvre et des Tuileries, ainsi que le jardin de ce dernier.

Elle devait son nom à une représentation sculptée de la rencontre entre Jésus et la Samaritaine au puits de Jacob (relatée dans l'Évangile selon Jean), œuvre de Bernard et René Frémin (1672-1744).

La pompe fut reconstruite par Robert de Cotte entre 1712 et 1719, puis rénovée par Soufflot et Gabriel vers 1771.

Le 26 août 1791, le roi Louis XVI abandonna la fontaine à la municipalité. L'édifice fut dépouillé de sa façade. Les sculptures du Christ et de la Samaritaine furent envoyées à la fonte. L'édifice, devenu un poste de la Garde nationale, se délabra. Il fut détruit en 1813. Il n'en reste rien, sauf une des cloches, transférée à l'église Saint-Eustache.

Ernest Cognacq aurait installé sa première échoppe dans la corbeille du pont Neuf à l'emplacement même de cette ancienne pompe. Les affaires aidant, l'échoppe laissera vite la place au célèbre grand magasin homonyme construit non loin de là sur la rive droite du fleuve.

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