Le siège de Jérusalem lors de la première croisade dura du 7 juin au 15 juillet 1099
La situation est alors singulière : partis pour libérer les lieux saints de la domination turque seldjoukide afin de pouvoir rétablir la route des pèlerinages, ils se retrouvent face à une ville reprise entre-temps par les Fatimides qui n'y avaient jamais fait obstacle. Point culminant de la première croisade, ce siège permit aux croisés de se saisir de Jérusalem, et de fonder le royaume de Jérusalem.
Godefroy, Robert, Tancrède et Gaston arrivèrent à Arqa en mars, alors que le siège se prolongeait. La situation était tendue, non seulement entre les chefs croisés, mais aussi au sein du clergé : depuis la mort d'Adhémar de Monteil, le 1er août 1098, il n'y avait pas vraiment de chef religieux, et après la découverte de la Sainte Lance par Pierre Barthélémy, des accusations de fraudes s'échangeaient entre les différentes factions cléricales. Finalement, en avril, Arnoulf de Rœux mit Pierre au défi d'une ordalie par le feu. Pierre subit l'épreuve et mourut de ses brûlures, discréditant ainsi la Sainte Lance et sapant définitivement l'autorité de Raymond sur la croisade.
Le siège d'Arqa prit fin le 13 mai, quand les croisés quittèrent les lieux, sans avoir pris la ville. Les Fatimides avaient tenté de faire la paix, à la condition que les croisés ne continuassent pas jusqu'à Jérusalem, mais ceux-ci rejetèrent évidemment cette offre ; apparemment, le gouverneur fatimide de Jérusalem ne comprenait pas pourquoi les croisés étaient venus jusqu'en Terre sainte. Ils arrivèrent à Tripoli où le dirigeant de la ville leur donna de l'argent et des chevaux. Selon la chronique anonyme Gesta Francorum, il aurait émis aussi le vœu de se convertir au christianisme si les croisés réussissaient à prendre Jérusalem à ses ennemis fatimides. Continuant leur route vers le sud, les croisés dépassèrent Beyrouth le 19 mai, Tyr le 23 mai et changèrent de direction à Jaffa, gagnant le 3 juin Rama abandonné par ses habitants. L'évêché de Rama-Lydda y fut établi à l'église Saint-Georges (un héros de la croisade populaire), avant de continuer vers Jérusalem. Le 6 juin, Godefroy envoya Tancrède et Gaston prendre Bethléem, où Tancrède planta sa bannière sur l'église de la Nativité. Le 7 juin, les croisés atteignirent enfin Jérusalem. Beaucoup pleurèrent en voyant enfin la ville pour laquelle ils avaient entrepris un si long voyage.