McKinley serre des mains depuis environ dix minutes lorsque Cortelyou s'éloigne de lui pour fermer les portes. William J. Gomph, l'organiste officiel de l'exposition, joue alors la Rêverie de Schumann sur le grand orgue qui est l'attraction principale du Temple of Music. C'est à ce moment — il est seize heures sept — que Czolgosz se trouve face au président : celui-ci tend la main à Czolgosz qui presse deux fois sur la détente. James Benjamin Parker, un grand serveur noir d'Atlanta qui est employé par un restaurant de l'exposition et qui se trouve derrière Czolgosz, le met à terre d'un coup de poing dans la tête, l'empêchant ainsi de tirer une troisième fois. L'agent George Foster saute sur Czolgosz et crie par trois fois à son collègue Albert Gallagher Al, get the gun ! (« Al, prends l'arme ! ») Gallagher ne parvient qu'à se saisir du foulard de Czolgosz qui est alors en feu, mais un soldat, nommé Francis, parvient à se saisir du pistolet.
McKinley reste debout et tente sans succès de convaincre Cortelyou que sa blessure n'est pas grave. Après que quelqu'un a frappé à nouveau Czolgosz en train d'être emmené par les agents de sécurité, le président s'écrie « Ne le laissez pas lui faire du mal ! », une demande qui évita peut-être au tireur de se faire lyncher. Onze minutes après, une ambulance arrive et emmène McKinley à l'hôpital de premiers secours qui se trouve dans l'enceinte de l'exposition mais n'était prévu que pour les blessures légères des visiteurs.